【2026年最新】ECモール運用代行おすすめ5社｜4つの型と費用相場で選び分け

楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピングなど、複数のECモールを運営すると、受注処理や在庫管理、売上集計などの業務も増えていきます。
そこで検討したいのが、複数モールの運営をまとめて任せられるEC運営代行会社です。

ただし、EC運営代行会社によって対応範囲は異なります。受注処理などの実務だけを任せられる会社もあれば、商品ページの制作や広告運用、売上改善まで一貫して支援する会社もあります。料金体系も、月額固定・成果報酬などさまざまです。
 

そのため、料金だけで比較するのではなく、「どこまで任せられるか」と「どのように料金が決まるか」をセットで確認することが重要です。
本記事では、EC運営代行を支援範囲ごとに4つの型に整理したうえで、料金体系とおすすめ5社を比較します。
 

ECモール運用代行に任せられる業務

任せられる業務は大きく3つです。ECモール運用代行は、店舗運営で発生する業務の一部または全部を外部に預けるサービスです。

まず、社内に残す業務と外に出す業務の線を引いてください。

商品の登録とページ制作

最初に手が足りなくなるのが商品登録です。商品名と価格の入力だけでなく、写真撮影、採寸、説明文の作成までが1商品ごとに発生します。

ページ制作も一度では終わりません。新商品の追加、セール時のバナー差し替え、モール企画に合わせた特集ページになります。月何ページまで対応するかを条件に入れてください。

在庫と受注、出荷までの管理

在庫と受注を外に出せるかどうかで、担当者の作業時間は月単位で変わります。

2モール以上に出した店舗が次につまずくのが在庫です。同じ在庫を各モールへ満数で出せば売り越しが起き、モール別に引き当てを分ければ売り逃しが起きます。

任せられるのは、一元管理ツールの選定と初期設定、在庫の振り分け、受注データの取り込みから出荷指示までです。

会社によっては入庫と検品、棚卸し、梱包と発送までが業務範囲に入ります。

モール別の集客と販促

モールごとに検索の仕組みも広告のメニューも別物です。楽天市場は商品名のキーワードと直近の販売実績、Amazonはカタログの整備とスポンサープロダクトが売上を動かします。

初回に「Yahoo!ショッピングは誰が見ますか」と聞いてみてください。

ECモール運用代行会社は4つの型に分かれる

同じ「運用代行」の看板でも、請け負う深さは会社ごとに別物です。

作業を量でこなす会社と売上計画から一緒に作る会社では見積書の金額の意味が変わります。次の4つの型に当てはめると、比較の土俵がそろいます。

作業処理特化型と細分化作業型は、作業単価が安く収まる代わりに、売上をどう伸ばすかの相談先にはなりません。

運営特化型はECコンサルとも呼ばれ、一定の売上規模になってから依頼するケースが多い型です。総合支援型は範囲が広いぶん月額も上がる構造です。

金額だけを見て型を取り違えると、期待していた提案が出てこないまま契約期間が過ぎます。

総合支援型を選ぶなら3年ほどを目安に任せ、その間に社内へノウハウを移す前提で契約してください。

ECモール運用代行の費用相場は3つの料金体系で決まる

料金の決まり方は次の3通りです。金額より先に、どう決まるかを見てください。

同じ月50万円でも、固定か売上連動かで、伸びたときの支払額が変わります。

※一般的な相場の目安です。今回紹介した5社の公開料金は各社の紹介欄をご覧ください。会社により条件は異なります。

相場と実際の公開料金には開きがあります。月額固定制は月30万〜80万円とする見方が多いものの、5社が公開している金額は月5万円から50万円でした。

業務範囲を絞ったプランを出す会社が増えているためです。

成果報酬が絡む型では、支払額が売上に連動します。固定費がかからない代わりに売上が伸びるほど支払額も伸びるため、月商が上がった時点で固定制へ切り替える出口を、契約時に決めておいてください。もうひとつの軸が出店モール数です。

月額の安さだけで選ぶと、成果報酬分を足した総額で逆転するケースもあります。

ECモール運用代行おすすめ5社

「こんな企業におすすめ」の行を自社の出店構成と照らせば、声をかける先が絞れます。5社の実績・対応範囲・費用を同じ項目で並べました。

本記事における選定基準

同じ基準を自社のリストに当てると、問い合わせ先を2〜3社まで減らせます。

ECモールの支援をうたう会社は数多くあるため、複数モールの運用を前提に次の3つで候補を絞りました。

• 基準1：依頼したい業務とサポート体制がかみ合っているか
• 基準2：ノウハウを社内に残したいか、完全に任せたいか
• 基準3：モール型と自社型のどちらに軸足を置くか

相談でいちばん多いのが基準1のつまずきです。商品登録もページ更新も追加費用だったという状況です。

契約前に、どこまでが月額に含まれ、どこから別見積もりかを一覧にしてもらってください。

基準2は3年後の体制の話。社内に担当を育てるなら実務の一部を自社に残し、採用の見込みが立たないなら出荷まで含めて検討してみてください。この線引きで候補は変わります。

【比較表】ECモール運用代行おすすめ5社

実績は何を数えた数字かまで書き分けました。費用は公式サイト掲載の金額で、掲載のない会社は要問合せとしています。

※2026年8月時点の情報です。最新の費用・対応範囲は各社公式サイトまたは直接お問合せにてご確認ください。

おすすめ1. 株式会社Wacworks

Wacworksは、主要4モールと自社EC・D2Cを1社で見るECコンサルティング会社です。

売上をグロースさせた経験を持つコンサルタントだけをパートナーとしてアサインし、モールごとにコンサルティング・広告運用代行・出店代行の3系統を用意しています。

4つの型でいえば、運営特化型と総合支援型の両方に手が届く位置づけです。

▶ ECサイトサポートサービスについて見る

▶ ECサイトコンサルティングについて見る

▶ ECサイト構築・リニューアルについて見る

▶ ECサイト出店代行について見る

「人手は足りないが運用代行に頼むほどでもない」層に向けた助太刀ECを月額10万円から用意している点が、他4社との違いです。

毎月5社限定の無料店舗分析があるため、現状だけ見てもらう相談でも構いません。

おすすめ2. ジャグー株式会社

ジャグーは、楽天出身の代表が2020年に立ち上げたECコンサルティング会社です。

5つのモールで戦略立案から店舗運営まで担い、代表個人での担当実績は累計200店舗以上にのぼります。

他4社と違うのは、Qoo10まで含めた5モールを1社の窓口で見られる点です。

年間20億円を超えるモール広告の運用データを蓄積し、どの広告でどの商品を強化するかをセールと連動させて設計されています。

料金は依頼範囲ごとに分かれており、広告運用だけなら月額5万円からです。

まず広告を任せ、数字を見てから範囲を広げる進め方も選べます。

おすすめ3. 株式会社サイバーレコード

2008年設立のEC支援会社です。熊本の本社に加え東京・札幌・大阪などに拠点を構え、マレーシアにもオフィスを持ちます。

型でいえば総合支援型。受注処理やカスタマー対応、物流のように人手のかかる業務を、自社の人員で引き受けられる規模です。

ふるさと納税の運営代行や越境ECも同じ社内で扱います。料金は公式サイトに記載がないため、見積もりでは出荷まで含む範囲と広告運用までの範囲を分けて出してもらってください。

おすすめ4. サヴァリ株式会社

サヴァリは2007年設立で、EC運営代行を15年以上続けてきた会社です。公開されている実績は、EC運営代行ページの累計支援3,000社突破・平均売上238%アップ・継続率92.2%です。

楽天のECコンサルタント経験者や大型店舗の店長経験者が在籍しています。

契約前に無料の戦略会議を行い、年間の売上シミュレーションと行動計画を作ってから契約に進めます。

費用は3段階。アドバイス中心のコンサルティングプランが月額15万円から、制作や広告入稿まで含むプレミアムプランが30万円からです。

フロント業務のほぼ全部を任せるフルサポートプランは50万円からです。

段階が金額で分かれているため、社内に残す業務と外に出す業務の線引きを先に決められます。

おすすめ5. 株式会社idiom

idiomは、主要3モールとShopifyやBASEなどのカートを対象にEC運営を一括で引き受ける会社です。

梱包・発送や入出荷管理まで業務範囲に入るため、出荷体制が社内になくても回せます。

5社で唯一、完全成果報酬型を主軸に据えた料金設計です。料率は売上の5%からになります。

月商300万円の店舗にショップ改修・販促・受注処理まで頼むと10%、梱包・発送まで含めると20%が公開されている目安です。

月商いくらで定額プランへ切り替えるかを、契約前に決めてください。

ECモール運用代行に関するよくある質問

問い合わせ前によく聞かれる3点です。

Q1. ECモール運用代行の費用はいくらぐらいかかりますか

1モールを部分的に任せるなら月額5万円台から、複数モールをまとめるなら月額20万円から60万円が目安です。

完全成果報酬型なら、売上の5%から20%の幅で料率が決まります。

Q2. モールごとに別々の会社へ頼んでも問題ありませんか

問題はありません。ただし在庫と受注の一元化は、どこか1社が責任を持つ形にしてください。

担当を決めずに分けたままにすると、売り越しの原因を切り分けられなくなります。

Q3. まだ1モールしか出していない段階でも依頼できますか

出店代行のメニューを持つ会社なら、2モール目の出店手続きから任せられる体制です。

Wacworksとジャグーは新規出店サポートを用意し、サヴァリも新規出店の相談会を開いています。1モール目の運用データを渡して相談してください。

まとめ：ECモール運用代行は型と費用構造で選び分ける

選ぶ順番は、料金表の比較が先ではありません。任せたい業務を3つの領域で決め、4つの型のどれに当たるかを確かめ、料金の決まり方を3通りで見分けられます。この順なら見積もり先は2〜3社に絞れます。

まずは直近3か月のモール別売上と、EC担当の人数を書き出してください。

その2つを持って2〜3社に同じ条件で見積もりを依頼すれば、提案書の差が見えてきます。

▼ おすすめ記事への掲載をご希望の方はこちら

無料掲載の相談フォームへ →

※本文に「おすすめ記事掲載依頼」とご記入ください。

モールの売上と並行してWeb集客全体を伸ばしたい方へ

僕が代表を務めるエイチリンク株式会社は、中小企業様や従業員10名以下の小規模事業者様に特化したホームページ制作・SEO・LLMO対策会社です。

月20万円〜、営業マンを1人雇うより安い金額で、ホームページ集客に必要なことを全部丸投げできます。

これまでに7年間で100サイト以上の制作、30社以上のSEO支援を経験してきました。以下のような成果を出しています。

• 営業代行・BPO会社：月間問い合わせ数0→40件
• スポーツ系Webメディア：支援開始10か月で月間アクセス数10倍
• イベント制作・企画会社：月間96件の問い合わせ獲得、サイト経由の月間売上500万円突破

成果は検索順位やアクセス数ではなく、「問い合わせが何件増えたか」「売上がいくら上がったか」という実利で測っています。

エイチリンクがどんな会社なのか、もっと詳しく知りたい方はこちらも読んでみてください。

▶ 【自作自演インタビュー】大手の半額以下で問い合わせ増！中小企業のSEO対策にエイチリンクが選ばれる5つの理由

「ちょっとだけ話を聞きたい」「相談だけでもOK？」もちろん大歓迎です！

毎月3社限定・営業なし・完全無料でご相談いただけます↓

https://h-link-marketing.co.jp/contact/